一、疼痛。肾结石的第一个危害就是疼痛，肾结石患者，当肾内结石下行到输尿管狭窄部位造成阻塞，会出现明显剧痛，把患者折磨的死去活来。
二、感染甚至癌变。长期的结石剌激粘膜就会引起慢性的炎症感染，严重者甚至会发生癌变。因此肾结石一定要及时治疗。
三、肾积水。一般情况下，肾内结石下行到输尿管狭窄部位，出现肾积水时，肾脏实质受到挤压，结石压迫粘膜会引起肾组织萎缩严重影响肾功能，如果长期没有解决，整个肾脏功能就会丧失，到最后只能将肾脏切除。
四、尿路梗阻。肾结石最容易出现在肾盂输尿管的连接处，在输尿管髂血管和输尿管膀胱入口部位停留，会引起尿路梗阻。尿路梗阻以后，梗阻以上的输尿管和肾盂就会扩张、积水，肾积水可分为轻度、中度和重度肾积水。
五、尿毒症。要是双侧尿路都有梗阻的话，就会导致尿毒症。尿毒症甚至被很多人成为不治之症，发展到一定阶段会出现心力衰竭、精神异常、昏迷等严重情况甚至会危及到生命。